國道自103年1月2日開始全面實施ETC電子收費後，除了國道收費員因此暫時失業外，在遠通電收eTag部分陸續傳出不少問題，雖然依比例來說為少數中的少數，但是執行單位遠通電收使用之系統不夠建全，又未在全面實行前確實發生與解決問題，高公局也未完全盡到監督之責，使得民怨沸騰，甚至走上街頭抗議，實非民眾之所願。
eTag全面實施後衍生問題：
感應門架之感應器仍有感應範圍重疊的問題，未來仍舊有可能發生重複扣款的情形。
●錯誤扣款：
在全面實施電子收費以來，遠通電收最為人所詬病的部分，就是用戶扣款錯誤不斷，而且皆非常離譜，例如遭連續扣款、通過感應門架時南北向同時被扣款，另外還有遭扣款的地點非行經路線，以及扣款時間與通過門架時間不符等，更誇張的還有車輛行經國道下方平面道路與車輛故障於拖吊車上，也都被扣款，其中關於南北向同時被扣款與於國道下亦被扣款等問題，竟然是因為遠通電收設置之感應器為確保能夠偵測到每一輛有貼eTag的車輛，感應範圍出現重疊，導致即使車輛無論於北上或南下路段，卻同一時間皆被南北向的門架都感應到遭重扣款，遠通電收表示：因eTag紅外線感應範圍左右寬幅0.9m，前後為6m，感應範圍確實會有重疊覆蓋問題，以致行駛內車道車輛很有可能遭對向感應器給感應到，同時若是於感應門架偵測範圍內變換車道，也有可能被重複感應，目前，針對此問題遠通電收仍無法短時間內確定車輛不會被重複感應，只能靠用戶日後查帳再予以補償。此外，除了用戶遭錯誤扣款外，即使未使用eTag者，也出現車牌辨識系統辨識錯誤，而將帳單寄給另一輛車之車主的情形，可見整個遠通電收eTag系統在正式啟用前仍未善盡測試責任，導致錯誤百出。
為了便民設置的查詢網頁，保密機制仍未健全，恐遭有心人士利用。
●個資與行蹤外洩疑慮：
自國道全面實施電子收費後，所有使用國道〈目前僅有縱向國道收費〉的車輛都必須以感應門架感應eTag或辨識車牌號碼，再向車主收費，如此一來所有使用國道車輛，在什麼時後通過什麼路段都將無所遁形，而且遠通電收為了方便民眾查詢扣款狀況，設置之網路查詢網頁只需輸入車號或身分證字號，即可查詢車輛行經國道的狀況，且未有任何加密動作，若是有心人士刻意使用，將有外洩他人行蹤之疑慮；同時，用路人若向遠通電收申請eTag需提供與車輛無直接關聯之個人身分證字號，也恐有個資外洩的疑慮，關於這點遠通電收再三保證絕對會依循個資法，不會讓任何用戶個資外洩，同時預計在2014年10月以前對查詢系統增加加密功能，讓用路人僅能查詢自己的帳戶扣款狀況。關於這點，國外實施電子收費，有關車輛行經路徑與個人資料等大多由第三公正獨立單位管理，且受到嚴密監督，而非交由執行收費的民間企業管理，恐難消除民眾之疑慮。
除了上網查詢，一般民眾亦可至全台遠通電收門市查詢扣款情形。
在國道全面實行電子收費後，近千名收費員一夕失業，目前仍有許多收費員未受到妥善安排轉業。
●收費員失業後生計
國道全面實施電子收費，受到最直接衝擊的當屬原國道收費站之收費員，在無需用人工收費後，這群長久以來默默為社會貢獻的收費員都得面對失業問題，而在遠通電收獲得國道ETC電子收費之BOT案後，依約需安排收費員轉職，但至今仍有多數收費員未受到妥善安排，讓這群收費員權利受損；關於這點高公局表示將嚴格要求遠通電收盡速處理，並且在六月底前仍有收費員未轉職成功，將每日向遠通電收開發50萬元。
其實道路電子收費系統，在全球許多國家早已實行多年，相關技術相當成熟，理應在全面實施前，就該將所有問題消除，但台灣身為全球首個國道全面電子收費的國家，並且更以BOT方式交由民間企業執行，還是遇到了嚴重的陣痛期，其實ETC電子收費非洪水猛獸，多數用路人大多能夠接受〝使用者付費〞、〝用多少、付多少〞之觀念，如今本可由國家自行管理的公眾事務，在交由民間企業執行下，不僅將事情複雜化，也造成問題重重，一般民眾也難以直接監督，未來遠通電收若無法取得民眾信任或改善現有問題，重新將ETC電子收費收歸國有，由政府直接管理，也將更有效地受到全民監督。
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